Especies Endémicas:
- Abeto (Abies religiosa), Asterácea (Acourtia rigida), Rana Cara de Niño (Agalychnis dacnicolor), Agave (Agave colimana), Gramínea Agrotis (Agrostis novogaliciana), Zacatonero Pecho Negro (Peucaea humeralis), Cebollín (Allium glandulosum), Colibrí berilo (Amazilia berillyna), Loro Corona Lila (Amazona finschi), Madroño (Arbutus occidentalis), Hierba de la Víbora (Aristolochia luzmariana), Rascador cejas verdes (Arremon virenticeps), Araxi (Asclepias mcvaughii), Huico Moteado Gigante (Aspidoscelis communis), Rascador gorra canela (Atlapetes pileatus), Zumbador Mexicano (Atthis heloisa), Graminea (Axonopus rosei), Escobilla (Baccharis multiflora), Lagarto Alicante del Popocatépetl (Barisia imbricata), Orquídea Barkeria palmeri (Barkeria palmeri), Jara blanca (Brickellia magnifica), Orégano (Brickellia secundiflora), Rascador cejas verdes (Arremon vrenticeps), Tepozán Cimarrón (Buddleja parviflora), Sapo Pinero (Incilius occidentalis), Huachacote (Bunchosia mcvaughii), Bursera (Bursera macvaughiana), Casique Mexicano (Cassiculus melanicterus), Calateas (Calathea soconuscum), Pitayo viejo (Pilosocereus purpusii), Matraca Serrana (Campylorhynchus gularis), Matraca Barrada (Campylorhynchus megalopterus), Chipe Rojo (Cardellina rubra), Pasto de zonas pantanosas (Carex marianensis), Maleza (Carex mcvaughii), Pinceles de indio (Castilleja mcvaughii), Zorzal Mexicano (Catharus occidentalis), Helecho labiado (Cheilanthes pellaeopsis), Esmeralda Occidental (Chlorostilbon auriceps), Huico Llanero (Aspidoscelis costata), Cuiji de Muchas Líneas (Aspidoscelis lineattissima), La-Jec-Ca (Cnidoscolus autlanensis), Carpintero Corona Gris (Colaptes auricularis), Yaga-yana (Comarostaphylis discolor), Culebra Mexicana Dos Líneas, Culebra Terrestre Dos Líneas (Conopsis biserialis), Culebra Terrestre Narigona, Culebra gris nariz de pala (Conopsis nasus), Bise'Ebeero (Cosmos intercedens), Tuza de colima (Cratogeomys fumosus), Tuza Humeada (Cratogeomys gymnurus), Rana Ladradora de Smith (Craugastor hobartsmithi), Rana Ladradora Costeña (Craugastor occidentalis), Rana Ladrona Sonora (Craugastor vocalis), Ahuitule (Critoniopsis uniflora), Víbora Cascabel de Saye (Crotalus basiliscus), Vara Blanca (Croton wilburi), Musaraña (Cryptotis alticola), Iguana Espinosa Mexicana (Ctenosaura pectinata), Cuitlauzina Perfumada (Cuitlauzina pendula), Pega hormiga (Cuphea lobophora), Cecropia (Coussapoa purpusii), Chara de San Blas (Cyanocorax sanblasianus), Cyperacea (Cyperus michoacanensis), Papamoscas Mexicano (Deltarhynchus flammulatus), Codorniz Coluda Transvolcánica (Dendrortyx macroura), Maunak'Le (Desmodium occidentale), Kintah (Desmodium skinneri), Ticktrefoils (Desmodium urarioides), Hierba de Cangrejo (Digitaria paniculata), Lili (Echeandia occidentalis), Helecho lengua de venado (Elaphoglossum manantlanense), Trompillo (Encyclia adenocaula), Orquídea Epidendrum neogaliciense (Epidendrum neogaliciense), mapache de las islas Marías (Procyon lotor subsp. insularis), Al-Tu-Cut-Dzi-Ki-Juala (Eryngium jaliscense), Salamanquesa (Plestiodon brevirostris), Eslizón Pigmeo del Sur (Eumeces parvulus), Copalillo (Eupatorium ceriferum), Crucetillo (Eupatorium leptodictyon), Cigarrillo (Euphorbia schlechtendalii var. pacifica), Quetzal Orejón (Euptilotis neoxenus), Rana de Árbol Esmeralda (Exerodonta smaragdina), Kidneywoods (Eysenhardtia platycarpa), Limiscui (Ficus petiolaris), Periquito Catarino (Forpus cyanopygius), Nanche (Gaudichaudia subverticillata), Flor de Güegüeche (Gentiana spathacea), Culebra Minera de Chihuahua (Geophis dugesii), Minadora de la Sierra de Coalcoman (Geophis nigrocinctus), Tecolote Colimense (Glaucidium palmarum), Granatelo Mexicano (Granatellus venustus), Crasulacea (Graptopetalum fruticosum), Gentianacea (Halenia crumiana), Cardón (Hechtia jaliscana), Acanthaceae (Henrya tuberculosperma), Rata Cambalachera de Allen (Hodomys alleni), Licopodio (Huperzia cuernavacensis), Rana de Árbol de Pliegue Mexicana (Plectrohyla bistincta), Rana de Árbol Esmeralda (Exerodonta smaragdina), Lirio Araña (Hymenocallis azteciana), Sapo Jaspeado, Sapo Marmoleado (Incilius marmoreus), Sapo Sinaloense (Incilius mazatlanensis), Jaliscoa (Jaliscoa palleacea), Diana Trapeador (Jatropha bartletti), Flor de Muerto (Laelia autumnalis), Trepatroncos Mexicano (Lepidocolaptes leucogaster), Poace (Leptocoryphium villaregalis), Culebra Ojo de Gato Espléndida (Leptodeira splendida), Rana Neovolcanica (Lithobates neovolcanicus), Ziix Hax Ano Quiij (Lithobates pustulosus), Almanegra (Magnolia iltisiana), Orquídea Malaxix rosilloi (Malaxis rosilloi), Orquídea Malaxis tamayoana (Malaxis tamayoana), Cereza (Malpighia wilburiorum), Culebra Cabeza Surcada (Manolepis putnami), Pirul (Marina grammadenia), Chicoteadora (Coluber mentovarius), Musaraña Desértica Sureña (Megasorex gigas), Carpintero Enmascarado (Melanerpes chrysogenys), Mulato Azul (Melanotis caerulescens), Rascador Nuca Canela (Melozone kieneri), Momoto corona canela (Momotus mexicanus), Zacatón, Soromuta (Muhlenbergia macroura), Zacate de Escobillas (Muhlenbergia robusta), Pañuelo (Norops nebulosus), Tapacamino Prío (Nyctiphrynus mcleodii), Flor de muertos (Oncidium tigrinum), Nopal Aceituna (Opuntia rileyi), Chachalaca Pálida (Ortalis poliocephala), Chachalaca Vientre Castaño (Ortalis wagleri), Rata Arrocera (Osgoodomys banderanus), Tuza (Pappogeomys bulleri), Colorin Pecho Naranja, Colorín Pecho Naranja, Colorín Vetridorado (Passerina leclancherii), Paciflora (Passiflora manantlanensis), Ratón Espiguero (Peromyscus spicilegus), Codorniz Barrada (Philortyx fasciatus), Lagarto Cornudo (Phrynosoma asio), Salamanquesa de Davis (Phyllodactylus davisi), Salamanquesa Pata de Res (Phyllodactylus lanei), Rascador de Collar (Pipilo ocai), Piranga Cabeza Roja (Piranga erythrocephala), Alicante, Cincuate, Cincuate Mexicana, Culebra Sorda Mexicana (Pituophis deppei), Perlita Sinaloense (Polioptila nigriceps), Tlaconete Pinto (Pseudoeurycea belli), Alacranera, Culebra Ilamacoa (Pseudoficimia frontalis), Culebra de Cabeza Roja, Sapera (Pseudoleptodeira latifasciata), Palo Blanco (Quercus laeta Liebm.), Encino Enano (Quercus macrophylla), Rana de Cascada (Rana pustulosa), Culebra Café de Occidente (Rhadinaea hesperia), Murciélago Amarillo de Orejas Largas (Rhogeesa gracilis), Cotorra Serrana Occidental (Rhynchopsitta pachyrhyncha), Mirlo Azteca (Ridgwayia pinicola), Hediondilla (Roldana lineolata), Cuijera (Salvadora mexicana), Lagartija-Escamosa de Boulenger (Sceloporus asper), Lagartija Espinosa Jalisciense,Lagartija-Escamosa Dorso Carinado (Sceloporus heterolepis), Chintete Común, Lagartija Escamosa, Lagartija Escamuda, Roño Espinoso, Lagartija Espinosa del Pacifico (Sceloporus horridus), Roño de Árbol (Sceloporus melanorhinus), Lagartija-Espinosa de Pedregal (Sceloporus pyrocephalus), Lagaria-Escamosa Castaño (Sceloporus siniferus), Lagartija Escamosa Barrada, Lagartija espinosa de collar (Sceloporus torquatus), Caracolera Occidental (Sibon annulifera), Caracolera de Philippi (Sibon philippii), Rata Híspida Jalisciense (Sigmodon mascotensis), Culebra Parda Mexicana (Storeria storerioides), Vencejo Nuca Blanca (Streptoprocne semicollaris), Conejo (Sylvilagus cunicularius), Rana-Chirriadora Dedos Chatos (Syrrhophus modestus), Rana Fisgona Deslumbrante (Eleutherodactylus nitidus), Culebra-Ciempiés del Litoral del Pacifico (Tantilla calamarina), Ninfa Mexicana (Thalurania ridgwayi), Salta paredfeliz (Thryothorus felix), Saltapared sinaloense (Thryothorus sinaloa), Rana de Árbol Mexicana Enana (Tlalocohyla smithii), Palmita-hierba del pollo (Tradescantia orchidophylla), Falsa Nauyaca Mexicana (Trimorphodon tau), Teocintle (Tripsacum zopilotense), Coa citrina (Trogon citreolus), Saltapared cola larga (Tryomanes bewickii), Mirlo dorso canela (Turdus rufopalliatus), Vireo Pizarra (Vireo brevipennis), Vireo amarillo (Vireo hypochryseus), Vireo Enano (Vireo nelsoni), Vireón alerquín (VireolanIus melitophrys), Chapule, Milpilla (Zea perennis), Bernadina (Bernardia santanae), (Mexianthus mexicanus), Palo prieto (Mimosa rosei), (Muhlenbergia jaliscana), (Muhlenbergia longiglumis), Murciélago negro (Myotis carteri), (Odontotrichum multilobum), Nopal de el fuerte (Opuntia wilcoxii), (Otopappus jaliscensis), (Otopappus microcephalus), (Otus seductus), Tuza de colima (Cratogeomys fumosus), (Pavonia oxyphylla), (Pedicularis glabra), (Pedilanthus diazlunanus), (Perezia hooveri), (Perymenium alticola), (Perymenium uxoris), (Perymenium wilburorum), (Pinaropappus diguetii), (Pinguicola parvifolia), Bromelia (Pitcairnia colimensis), Bromelia (Pitcairnia karwinskiana), Bromelia (Pitcairnia micheliana), (Polyanthes geminiflora ), (Polymia mcvaughii), (Psacalium pentaflorum), (Psacalium radulifolium), (Quercus martinezii), (Ramirezella lozanii), Culebra café de pino encino (Rhadinaea taeniata), Lirio (Rhynchostele cervantesii), (Ruellia jaliscana), (Ruellia novogaliciana), (Rynchospora jaliscensis), (Salvia manantlanensis), (Salvia ramamoorthyana), (Satureja jaliscana), Roño (Sceloporus bulleri), Lagartija escamosa de suelo (Sceloporus utiformis), (Schoenocaulon jaliscense), Ardilla gris del pacífico (Sciurus colliaei), (Senecio filaris), (Senecio galicianus), (Senecio guadalajarensis), (Senecio stoechadiformis), Chayotito (Sicyos deppei), Rata de la caña del pacífico (Sigmodon alleni), (Sisyrinchium abietum), Ardilla terrestre (Spermophilus annulatus), (Spiranthes nonantzin), (Stachys manantlanensis), Culebra encapuchada de Bocourt (Tantilla bocourti), (Tigridia mexicana), (Tigridia pulchella), Lagartija de Árbol del Pacífico (Urosaurus bicarinatus), (Verbesina culminicola), Memelilla (Verbesina oncophora), (Verbesina oxylepis), (Vernonia autumnalis), (Vernonia bealliae), Ahuitule (Vernonia salicifolia), (Viguiera grahamii), (Viguiera pringlei), (Yucca jaliscensis), Maíz chapule (Zea diploperennis), (Montanoa andersonii), (Plecotus mexicanus), (Ruellia mcvaughii)
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